Obecnie San Juan nadal rozwija się stabilnie dzięki rybom i różnym owocom morza sprzedawanym na rynek krajowy oraz kopalni żelaza sprzedawanej na rynek międzynarodowy. San Juan jest również domem dla siedliska endemicznych gatunków pingwinów Humboldta, występujących tylko na wybrzeżach Peru i Chile. Obszar położony na półwyspie San Juan jest chroniony jako rezerwat przyrody. Nawóz pingwinów Humboldta jest wykorzystywany do tworzenia żyznej ziemi w rolnictwie. Dlatego, mimo że są chronione, siedliska pingwinów są pod dużym zagrożeniem. Organizacje ekologiczne prowadzą programy uświadamiające skierowane specjalnie do rybaków, aby zapewnić, że pingwiny Humboldta i naturalne zasoby morskie w regionie nie są niszczone przez czynniki ludzkie. Na półwyspie San Juan żyje około 4500 pingwinów i różnych ptaków morskich.
Miasto ma również wybrzeża odpowiednie do turystyki morskiej. Plaże Lobena, Yanyarina i La Libertad wysuwają się na pierwszy plan w tym zakresie. Hermosa, La Herradura, Cacanero, Acapulco, Los Leones, Trompa de Elefante i Tres Hermanas to inne godne uwagi plaże. Ekoturystyka to kolejna dziedzina turystyki rozwijająca się w mieście. Miasto, które znajduje się pod wpływem klimatu pustynnego, ma suchą pogodę przez prawie cały rok. Lotnisko San Juan znajduje się 3,7 kilometra od centrum miasta.