Zlokalizowane w regionie San Martin w północnym Peru, Juanjui jest stolicą prowincji Mariscal Caceres. Położone nad rzeką Huallaga, Juanjui miało populację 55 tysięcy według spisu z 2010 roku. Centrum miasta otoczone jest przez 8 dzielnic: Chambira, Juanjuicillo, La Merced, La Victoria, Puerto Amberes, San Juan i Santa Rosa. Miasto doświadcza klimatu tropikalnego, z ciepłą i wilgotną pogodą przez cały rok. Temperatura jest gorąca i deszczowa każdego miesiąca w roku, z najbardziej znacznymi opadami występującymi między październikiem a majem. Średnia roczna temperatura wynosi 26 stopni.